В 1938 г. Ж. Шаяхметов был избран третим, а в 1939 г. — вторым секретарем Компартии Казахстана. В годы войны занимался вопросами образования и культуры, размещения предприятий и мирных жителей, эвакуированных в тыл, организовывал военно-мобилизационную работу, перестроил в соответствии с военными условиями и нуждами ведение сельского хозяйства. В 1946—1954 гг. — первый секретарь ЦК КП Казахстана. С 1950 по 1954 г. — Председатель Совета национальностей Верховного Совета СССР. Сталин называл Ж. Шаяхметова “Орел Востока”.

 

На Февральском (1954 г.) пленуме ЦК КП Казахстана за несогласие с масштабом предлагаемой программы массового освоения целины был снят с должности. Шаяхметов считал, что целину надо осваивать постепенно, создавая для этого необходимые условия и возможности, “иначе мы можем потерять свои земли”.